NGN-56-2562: 35 AD1 Assembly Genomes with Their Annotations

Supplementary Table 7. Summary of PacBio HiFi sequencing reads in 35 AD1 accessions.

(Data from: Li, et al., Nature Genetics. 56:2562–2573, 2024 Oct 29).
   Assembly    Genome    Accession Name   Type   Platform   Depth   Num of reads   Length (bp)   N50 (bp)   Average (bp)   Longest (bp)
  download   HC04   Xinluzao 31   AD1 cultivar   PacBio HiFi   33.932   33.93159136   78,042,660,118   16,210   16,053   50,241
  download   HC15   Luchangfeng   AD1 cultivar   PacBio HiFi   29.308   29.30837047   67,409,252,082   16,211   16,709   48,971
  download   HW03   Palmeri 9   AD1 wild   PacBio HiFi   25.725   25.72491659   59,167,308,159   16,180   16,093   50,652
  download   HW05   Latifolium 204   AD1 wild   PacBio HiFi   17.716   17.71578081   40,746,295,861   13,494   13,347   41,831
  download   HW06   Morrilli 295   AD1 wild   PacBio HiFi   27.306   27.30584691   62,803,447,888   16,409   16,528   50,416
  download   HW07   Richmondi 256   AD1 wild   PacBio HiFi   27.627   27.62691158   63,541,896,633   16,335   16,383   50,395
  download   P01   Yucatanense 1039   AD1 wild   PacBio HiFi   20.211   20.21141561   46,486,255,896   18,057   17,721   50,314
  download   P02   Galante 246   AD1 wild   PacBio HiFi   22.968   22.96807779   52,826,578,926   16,613   16,546   50,303
  download   P04   Punctatum 114   AD1 wild   PacBio HiFi   24.05   24.04979735   55,314,533,909   16,424   16,311   50,466
  download   P19   Binchuan 373   AD1 cultivar   PacBio HiFi   22.085   22.08497487   50,795,442,211   17,326   16,659   49,882
  download   P20   Jimian 298   AD1 cultivar   PacBio HiFi   22.209   22.20917757   51,081,108,403   16,981   16,382   50,261
  download   TW007   Punctatum 495   AD1 wild   PacBio HiFi   28.61   28.61026572   65,803,611,151   17,682   16,633   50,591
  download   TW013   Latifolium 140   AD1 wild   PacBio HiFi   27.156   27.15591059   62,458,594,365   14,542   13,724   47,805
  download   TW026   Palmeri 832   AD1 wild   PacBio HiFi   26.678   26.67774078   61,358,803,803   18,449   17,606   50,571
  download   TW029   Punctatum 25TX   AD1 wild   PacBio HiFi   30.314   30.31367001   69,721,441,030   18,585   17,847   50,509
  download   TW031   Punctatum 27   AD1 wild   PacBio HiFi   27.14   27.1404247   62,422,976,818   20,567   19,478   50,363
  download   TW055   Richmondi 18   AD1 wild   PacBio HiFi   29.826   29.82554909   68,598,762,918   16,977   16,500   50,240
  download   TW064   Galante 1259   AD1 wild   PacBio HiFi   27.469   27.46854162   63,177,645,718   17,844   17,311   50,480
  download   TW075   Yucatanense 2094   AD1 wild   PacBio HiFi   28.031   28.03111072   64,471,554,651   15,213   15,752   50,331
  download   TW077   Yucatanense 2096X   AD1 wild   PacBio HiFi   29.232   29.23158713   67,232,650,392   14,511   14,156   50,113
  download   TW091   Latifolium 258   AD1 wild   PacBio HiFi   27.326   27.32578099   62,849,296,283   17,412   16,903   50,429
  download   TW094   Richmondi 461   AD1 wild   PacBio HiFi   27.679   27.67903189   63,661,773,344   16,970   16,506   50,198
  download   TW100   Galante 1854   AD1 wild   PacBio HiFi   28.736   28.73574185   66,092,206,252   17,334   16,907   50,603
  download   TW134   Morrilli 211   AD1 wild   PacBio HiFi   25.061   25.06058727   57,639,350,718   13,418   12,575   50,095
  download   XJ74   Shiyuan 321   AD1 cultivar   PacBio HiFi   35.319   35.31898859   81,233,673,758   18,532   18,545   49,894
  download   XZ142   Xuzhou 142   AD1 cultivar   PacBio HiFi   33.198   33.19838541   76,356,286,439   19,146   18,290   50,460
  download   ZY006   Yinshan 4   AD1 cultivar   PacBio HiFi   33.552   33.55184082   77,169,233,886   19,170   18,689   50,088
  download   ZY10   Zhongmiansuo 12   AD1 cultivar   PacBio HiFi   36.168   36.16843956   83,187,410,998   18,328   18,407   49,934
  download   ZY184   Ganmian10   AD1 cultivar   PacBio HiFi   29.988   29.98763084   68,971,550,942   19,585   18,722   50,372
  download   ZY236   Deltapine 16   AD1 cultivar   PacBio HiFi   28.423   28.42296812   65,372,826,682   16,534   16,368   50,234
  download   ZY238   Dezimian 531   AD1 cultivar   PacBio HiFi   30.417   30.41698639   69,959,068,704   17,266   17,208   48,046
  download   ZY354   Ningmian 1   AD1 cultivar   PacBio HiFi   29.27   29.27030962   67,321,712,124   19,868   19,034   50,318
  download   ZY381   Stoneville 2B   AD1 cultivar   PacBio HiFi   42.592   42.59168976   97,960,886,454   19,168   17,940   50,391
  download   ZY384   Simian 4   AD1 cultivar   PacBio HiFi   47.556   47.5560453   109,378,904,192   16,302   16,007   49,808
  download   ZY461   Yuwu 19   AD1 cultivar   PacBio HiFi   33.215   33.21543232   76,395,494,344   19,933   19,052   50,538