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Assembly - by genome sequencing project
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Annotation - by genome sequencing project
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| Sequencing Institute and Genome | |||||||||||||||
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| Assembly- by sequencing project | D6-5 | D6_CRInew | D7-157 | D8-8 | D8_CRInew | D9-4 | D10-3 | D11-1 | |||||||
| FASTA Files | |||||||||||||||
| * Chromosomes + Scaffolds | 13+344,886 | 13+5 | 13+380,345 | 13+290,385 | 13+4 | 13+470,369 | 13 | 13+332,944 | |||||||
| Annotation - by sequencing project | D6-5 | D6_CRInew | D7-157 | D8-8 | D8_CRInew | D9-4 | D10-3 | D11-1 | |||||||
| FASTA Files | |||||||||||||||
| * Predicted coding sequences | 24,986 | 40,122 | 30,295 | 32,895 | 37,922 | 28,512 | 38,871 | 35,775 | |||||||
| * Predicted protein sequences | 24,986 | 40,122 | 30,295 | 32,895 | 37,922 | 28,512 | 38,871 | 35,775 | |||||||
| * Predicted gene sequences | 39,692 | ||||||||||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT | |||||||||||||||
| * Predicted gene alignments | |||||||||||||||
| * Predicted gene with exon alignments | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| Annotation - by CottonGen Team | D6-5 | D6_CRInew | D7-157 | D8-8 | D8_CRInew | D9-4 | D10-3 | D11-1 | |||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT files | |||||||||||||||
| * Functional | |||||||||||||||
| - GO assignments from InterProScan | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - IPR assignments from InterProScan | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - Genes in KEGG Pathways | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - Genes mapped to KEGG orthologs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| * Marker Alignments | |||||||||||||||
| - CottonGen RFLP-RAD markers (v. 11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - CottonGen SSR markers (v.11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - CottonGen SNP markers (v. 11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - CottonGen InDel markers (v.11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| * Protein Homologies | |||||||||||||||
| - Arabidopsis thaliana Araport11 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - NCBI nr-all (v. m/yy = 5/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||||
| - Uniprot swissprot-all (v.1/19) | FTP | FTP(1/21) | FTP | FTP | FTP(1/21) | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - Uniprot trembl-all (v.1/19) | FTP | FTP(1/21) | FTP | FTP | FTP(1/21) | FTP | FTP | FTP | |||||||
| * Unigene & Transcript Alignments | |||||||||||||||
| - G. arboreum CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - G. barbadense CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - G. hirsutum CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| - G. raimondii CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||