Gossypium hirsutum (AD1) 'TM-1' Genome Assemblies

Table Contents (Click to view)
  Sequencing Institute and Genome
Assembly BGI v1 NBI v1.1 JGI v1.1 HAU v1 ZJU v2.1 CRI v1 WHU v1 UTX v2.1 HAU v2.0 AD1_T2T_JZUnew UTX v3.1new
FASTA Files                  
* Chr + Scaffs 26+9128 26+288,273 26+5,329 26+2,164 26+12,072 26+584 26+316 26+999 26+556 26+88 26+223
GFF3 | EXCEL | TXT  Files                  
* Chr + Scaffs 26+9128                  
Annotation BGI v1 NBI v1.1 JGI v1.1 HAU v1 ZJU v2.1 CRI v1 WHU v1 UTX v2.1 HAU v2.0 AD1_T2T_JZUnew UTX v3.1new
FASTA Files                      
    * Predicted CDS 76,943 70,478 87,800 115,835 72,761 79,703 74,350 107,216   79,642 109,792
    * Predicted protein 76,943 70,478 87,800 115,835 72,761 79,703 74,350 107,216   79,642 109,792
    * Predicted gene     66,577         75,376     75,854
GFF3 | EXCEL | TXT  Files                  
    * Gene alignments     FTP       FTP FTP     FTP
    * Gene+exon aligns FTP FTP FTP FTP FTP FTP   FTP FTP FTP FTP
Annotation - CottonGen BGI v1 NBI v1.1 JGI v1.1 HAU v1 ZJU v2.1 CRI v1 WHU v1 UTX v2.1 HAU v2.0 AD1_T2T_JZUnew UTX v3.1new
GFF3 | EXCEL | TXT  files                  
    * Functional                      
          - InterPro GO FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - InterPro IPR FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - KEGG Pathways FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - KEGG orthologs FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
    * CottonGen Marker Alignments (11/18)                  
          - RFLP-RAD FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - SSRs FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - SNPs  FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - InDels FTP FTP FTP   FTP FTP FTP FTP FTP    
    * Protein Homologies                  
          - Araport11 FTP FTP FTP FTP(tair10) FTP(tair10) FTP FTP FTP FTP    
          - NCBI nr (5/18) FTP FTP FTP FTP(4/18) FTP FTP FTP FTP      
          - Swissprot (1/19) FTP FTP FTP FTP(5/18) FTP FTP FTP FTP FTP    
          - Trembl (1/19) FTP FTP FTP FTP(5/18) FTP FTP FTP FTP FTP    
    * CottonGen RefTrans v1                   
          - G. arboreum  FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - G. barbadense  FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - G. hirsutum  FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP    
          - G. raimondii  FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP