Download G. hirsutum (AD1) Genome Data

Table Contents (Click to view)
  Sequencing Institute and Genome
Assembly ZM24 NDM8 B713 Bar32 TX1000 PSC355 YM11new HPF17new UA48new UGA230new CSX8308new ZM113new EM22new
FASTA  Files                      
* Chr + Scaffs  26+2221 26+327 26 26 26+251 26 26+699 26+3317 26+834 26+141 26+134 26+0 26+71
Annotation ZM24 NDM8 B713 Bar32 TX1000 PSC355 YM11new HPF17new UA48new UGA230new CSX8308new ZM113new EM22new
FASTA Files                          
    * Predicted CDS 99,706 80,123 78,475 78,326 74,520 75,744 84,720 85,952 113,741 113,260 113,264 84,311 98,716
    * Predicted protein 99,706 80,123 78,475 78,326 74,520 75,744 84,720 85.952 113,741 113,260 113,264 84,311 98,716
    * Predicted gene                 77,237 75,545 75.767 78,471 76,102 (seq?)
GFF3 | EXCEL | TXT  Files                      
    * Gene+exon aligns FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP
    * Gene aligns                 FTP FTP FTP    
Annotation - CottonGen ZM24 NDM8 B713 Bar32 TX1000 PSC355 YM11new HPF17new UA48new UGA230new CSX8308new ZM113new EM22new
GFF3 | EXCEL | TXT  files                      
    * Functional                          
          - InterPro GO FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP            
          - InterPro IPR FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP            
          - KEGG Pathways FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP            
          - KEGG orthologs FTP FTP FTP FTP FTP FTP FTP            
    * CottonGen Marker Alignments (11/18)                      
          - RFLP-RAD FTP FTP FTP FTP FTP FTP            
          - SSRs FTP FTP FTP FTP FTP FTP              
          - SNPs  FTP FTP FTP FTP FTP FTP            
          - InDels FTP FTP FTP FTP FTP FTP              
    * Protein Homologies                    
          - Araport11 FTP(tair10) FTP FTP FTP FTP FTP              
          - NCBI nr (9/21) FTP(5/18) FTP FTP FTP FTP            
          - Swissprot (9/21) FTP(1/19) FTP FTP FTP FTP FTP              
          - Trembl (9/21) FTP(1/19) FTP FTP FTP( FTP FTP            
    * CottonGen RefTrans v1                       
          - G. arboreum  FTP FTP FTP FTP FTP FTP              
          - G. barbadense  FTP FTP FTP FTP FTP FTP              
          - G. hirsutum  FTP FTP FTP FTP FTP FTP            
          - G. raimondii  FTP FTP FTP FTP FTP FTP