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Assembly - by genome sequencing project
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Annotation - by genome sequencing project
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Sequencing Institute and Genome | |||||||||||||
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Assembly | ZM24 | NDM8 | B713 | Bar32 | TX1000 | PSC355 | YM11new | HPF17new | UA48new | UGA230new | CSX8308new | ZM113new | EM22new |
FASTA Files | |||||||||||||
* Chr + Scaffs | 26+2221 | 26+327 | 26 | 26 | 26+251 | 26 | 26+699 | 26+3317 | 26+834 | 26+141 | 26+134 | 26+0 | 26+71 |
Annotation | ZM24 | NDM8 | B713 | Bar32 | TX1000 | PSC355 | YM11new | HPF17new | UA48new | UGA230new | CSX8308new | ZM113new | EM22new |
FASTA Files | |||||||||||||
* Predicted CDS | 99,706 | 80,123 | 78,475 | 78,326 | 74,520 | 75,744 | 84,720 | 85,952 | 113,741 | 113,260 | 113,264 | 84,311 | 98,716 |
* Predicted protein | 99,706 | 80,123 | 78,475 | 78,326 | 74,520 | 75,744 | 84,720 | 85.952 | 113,741 | 113,260 | 113,264 | 84,311 | 98,716 |
* Predicted gene | 77,237 | 75,545 | 75.767 | 78,471 | 76,102 (seq?) | ||||||||
GFF3 | EXCEL | TXT Files | |||||||||||||
* Gene+exon aligns | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP |
* Gene aligns | FTP | FTP | FTP | ||||||||||
Annotation - CottonGen | ZM24 | NDM8 | B713 | Bar32 | TX1000 | PSC355 | YM11new | HPF17new | UA48new | UGA230new | CSX8308new | ZM113new | EM22new |
GFF3 | EXCEL | TXT files | |||||||||||||
* Functional | |||||||||||||
- InterPro GO | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||
- InterPro IPR | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||
- KEGG Pathways | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||
- KEGG orthologs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||
* CottonGen Marker Alignments (11/18) | |||||||||||||
- RFLP-RAD | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- SSRs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- SNPs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- InDels | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
* Protein Homologies | |||||||||||||
- Araport11 | FTP(tair10) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- NCBI nr (9/21) | FTP(5/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
- Swissprot (9/21) | FTP(1/19) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- Trembl (9/21) | FTP(1/19) | FTP | FTP | FTP( | FTP | FTP | |||||||
* CottonGen RefTrans v1 | |||||||||||||
- G. arboreum | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- G. barbadense | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- G. hirsutum | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
- G. raimondii | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP |